A Margit-szigeten volt egykor a Domonkos-rendi apácák kolostora, a sziget északi végén pedig az esztergomi érsek vára állt. Középütt a premontreiek és a ferences rendi minoriták temploma és kolostora állt valaha, déli végén pedig a Szent János lovagrend vára és ispotálya kapott helyett a régi időkben. A szigetet 1790-ben a bécsi udvar Sándor Lipót főhercegnek, Magyarország nádorának adta egy birtokcsere keretében, azzal a céllal, hogy a schönbrunni park mintájára szabják át egy látványos park képére. A munkát aztán József nádor folytatta Tost Károly királyi főkertésszel.
Az 1838-as év rendkívül rosszul érintette a Margitszigetet, ekkor ugyanis a jeges árvíz nagyjából 2,5 méterrel ellepte a szigetet, ami óriási károkat okozott a fiatal és középkorú telepítésekben.
A sport területén az első jelentős esemény, hogy Széchenyi István kezdeményezésére evezős és úszóversenyeket rendeztek a sziget mellett az 1840-es években.
A XIX. század második felében fedezték fel, hogy értékes hőforrások találhatók a szigeten. Zsigmondy Vilmos bányamérnök, a hazai artézi vizek és gyógyforrások neves kutatója 1866 végén a nyugati partnál artézi kút fúrásába kezdett, s egy évre rá 1200 méteres mélységről 43 fokos gyógyvíz tört a felszínre. Erre a kútra alapozva dolgozták ki a Margitsziget fürdőszigetté alakításának tervét. A gyógyfürdő 1873-ban készült el, s ehhez kapcsolódóan vendéglők, villák és két szálloda – köztük a neoreneszánsz Nagyszálló – is megépült. Mesterséges vízesést is kialakítottak sziklák elhelyezésével.
A szigetet 1900-ig kizárólag csónakkal lehetett megközelíteni, ekkor adták át a Margit híd Margitszigetre bevezető szárnyhídját. A másik irányból 1950 óta megközelíthető a sziget, miután az Árpád hidat használatba vehették a fővárosiak.
A Margitszigeten egy sor védett növény- és állatfaj él. Látni itt feketerigót és harkályféléket, a többi között például a legismertebbet, a nagy fakopáncsot, de vannak itt mókusok is. A ritka növények némelyike is megfigyelhető itt, így például egyes páfrányfenyőket találhatnak az erre járók, de platánfák szintúgy élnek a szigeten. A Margit-sziget első kertészeti emléke a Domonkos-rendi apácák kolostorkertje, amelyben a többi között fűszer- és gyógynövényeket termesztettek.